След 1989 г. бившите социалистически страни не възстановяват моделите на църковно-държавни отношения от преди 1945 г., напр. държавна църква или господстваща религия. Същевременно те не възприемат и френския модел на пълно господство на светското начало в държавния и обществен живот и превръщането на религията в частно дело на отделния гражданин, т.нар. laicité. В повечето бивши социалистически страни (главно католически и православни, по-слабо в протестантските) държавата признава съществуването на традиционна църква. Законодателството съдържа текстове, насърчаващи партьорството между религиозните институции и държавата. Уважава се правото на религиозните общности на самоуправление без намеса от страна на държавата, а в замяна те се въздържат от ангажиране с политическа дейност. В новите условия държавата подкрепя редица социално полезни дейности на църквите чрез система за публично финансиране на църквите. В много от страните държавата допуска и преподаване на религия в училище (конфесионално и екуменическо), като в част от тях то е финансирано и от държавния бюджет. В почти всички бивши социалистически страни обаче реституцията на църковни имоти се ограничи до връщане на храмове, манастири, светилища и земята върху, която те са построени или е неободима за поддържането на конкретния храм, т.е. църквите не придобиха стопанския потенциал на Православната църква и Главно мюфтийство в България.
Разпадането на Съветския съюз и бивша Югославия увеличи значително броя на страните с преобладаващо православно население. Русия, Украина, България, Сърбия, Македония, Черна гора и Молдова повториха формулата за “отделяне на църква и държава” в своето законодателство, докато Румъния и Беларус възприеха принципа на автономия на религиозните институции. Във втория случай се наблюдава силно обвързване между официалната православна църква и държавата, осъществявано чрез система от подзаконови актове. Друга негова особеност е използването на финансови лостове за правителствен контрол върху вероизповеданията, един от които е изплащането на заплати на духовенството от държавния бюджет. В Румъния дейността на Православната църква в редица сфери на обществения живот е гарантирана от серия договори между Патриаршията и министерствата на армията, затворите, социалните дела, образованието и др.
Дейността на Православната църква в армията, както в здравните и социални заведения се насърчава от законодателството на Гърция, Кипър, Румъния и Молдова (след 2002 г.), докато в Русия, България, Сърбия този въпрос често се решава от местната власт. В Македония и Беларус религията няма място в армията, образованието и държавните институции. В повечето православни страни обаче липсват ясни законови граници за степента и формите на взаимодействие между църковната/религиозната и държавната власти. В това отношение най-категоричен е руския закон, според който дейността на органите на държавната и местната власт не може да се съпровожда от религиозни ритуали и церемонии, а служителите на тези власти не могат да насърчават една или друга религиозна принадлежност. Освен това представителите на духовенството, за разлика от обикновените вярващи, не могат да бъдат избирани и назначавани за служители на държавната, местната власт. Забранява се и участието им в политически партии, както и спонсорирането им.