Сръбската православна църква осъди произнесената на 11 май от съда във Велес присъда срещу архиеп. Йован Вранишковски, който е обявен от Сръбската патриаршия за "Охридски архиепископ и Скопски митрополит". Йован Вранишковски беше осъден на 2,5 години затвор. В официалното съобщение, публикувано на сайта на Св. Синод на Сръбската патриаршия, се казва:
"Охридският архиепископ и Скопски митрополит Йован, който е световно признат каноничен предстоятел на древната Охридска архиепископия, след многогодишни преследвания, тормоз, арести и затвор поради неговата непоколебима привързаност към единството на Христовата църква, поради принадлежността му към Вселенското православие в лоното на Сръбската патриаршия и заради последователната си изповедническа борба против разколническия манталитет и антицърковен етнофилетизъм - по лъжливи обвинения за мнимо присвояване на средства в резултат на един политически манипулиран квази-съдебен процес от сталински тип, организиран по призива на разколническата организация, която се нарича "Македонска православна църква", беше осъден на нов съдебен фарс във Велес на 11 май на две години и половина затвор.Това е единственият пример в съвременна Европа, а може би и в целия цивилизован свят, когато държавните органи по заповед и по най-груб начин нарушават собственото си законодателство и международните норми и конвенции, извършват насилие над Православната църква и нейния законен представител. За щастие на "съда" като наблюдатели присъстваха дипломати и представители на Православната църква, организации и институции за защита правата на човека и религиозната свобода, затова обществеността получи точна представа за природата на спектакъла, разиграл се в съда във Велес. Архиерейският синод на Сръбската православна църква, в чиято каноническа юрисдикция влиза автономната Охридска архиепископия, с дълбоко негодувание осъжда това насилие и гонение, което се провежда под маската за защита на правния ред, и молитвено и с евангелска любов непрестанно пребивава със своите братя и сестри в Охридската архиепископия, а особено с техния архипастир, който с радост е приел и носи страдания за вярата на своите предци и за единството на Православната Христова църква. Апелираме към всички сестрински Православни църкви, към всички християнски църкви в света, към Световния съвет на църквите, към Конференцията на европейските църкви и към другите християнски организации, към духовните вождове на големите световни религии, към правителствата и държавните органи на демократичните държави, към международните институции, към организациите за защита правата на човека и религиозните свободи и към всички хора с добра воля да окажат духовна, морална, правна и друга възможна подкрепа на затворения архиеп. Йован и да окаже съдействие за неговото по-бързо освобождаване от затвора".
Както съобщава македонското издание "Двеник", Йован Вранишковски е бил повторно осъден на 2 години и половина затвор и изплащането на 250 хиляди евро като компенсация на непризнатата Македонска православна църква и Фонда за пенсионно и медицинско осигуряване в Македония.
По този начин е потвърдена присъдата от 16 октомври 2009 г., произнесена по същото дело, според което Йован Вранишковски е признат за виновен за това, че в периода от 24 юни 1998 г. до 9 юли 2002 г. в качеството си на глава на три епархии на Македонската православна църква (Преспанско-Пелагонийска, Повардарска и Брегалническа) той незаконно е присвоил 21 милиона денария. Според обвинението с парите, които е получавал от различни храмове и манастири, Вранишковски е купувал луксозни автомобили, които след това е препродавал или предавал на близки хора. За финансовите машинации, твърди обвинението, той е използвал хуманитарни организации и църковни фирми, които били ръководени от негови роднини. Също така, въпреки подписаните договори, той не е предал събраните от него пари на Фонда за пенсионно и медицинско осигуряване в Македония.
От своя страна архиеп. Йован Вранишковски заяви: "Всички действия срещу мене през последните десет години са углавни престъпления с политически подтекст и характер. За това се говори и в годишния доклад на Държавния департамент на САЩ за правата на човека и религиозната свобода, където се споменава и Православната Охридска архиепископия. По тази тема с позиция излезе и "Амнести интернешенъл" през 2005 г. Причината е в това, че аз и Православната Охридска архиепископия останахме верни на условията на Нишкия договор от 2002 г.". Подсъдимият също така попита съдиите, защо не разследват дейността на редица йерарси на Македонската православна църква, чиято финансова чистота буди съмнения.
Присъдата срещу архиеп. Йован Вранишковски от 2009 г. беше потвърдена и от Върховния съд на Македония, но не влезе в сила, тъй като архереят напусна територията на Македония. Още един път присъдата беше потвърдена в края на 2010 г., когато той беше задържан в България по искане на Интерпол, но в началото на 2011 г. българските власти взеха решение да не го предават на Македония. През декември 2011 г. Йован Вранишковски доброволно се предаде на македонските власти.