Християнството в румънските земи може да се проследи още от 4 в. насам, поне в южните части на страната. От началото на 10 в. в тези земи се въвежда използването в богослужението на старобългарския език, който с помощта на българската държава вече е имал книжнина, разпространяваща се сред славянските племена на Балканския полуостров. Този език се използва в църковния живот в румънските земи до 17 в.
В началото на 11 в. митрополията на Влахия е включена в Охридската архиепископия, а през 13 и 14 в. тя е част от Търновската патриаршия. От края на 14 в. и през османския период епархиите в румънските земи са в юрисдикцията на Цариградската патриаршия. Възползвайки се от мощта и влиянието на влашките воеводи, църквата в тези земи през 1865 г. се обявява за автокефална, но е призната от Фенер едва през 1885 г. На 4 февруари 1925 г. по решение на синода на Румънската православна църква тя е повишена в ранг патриаршия, която е призната от Фенер през м. юли с. г., а през ноември е интронизиран и първият румънски патриарх Мирон. Той е титулован „Негово Блаженство патриарх на цяла Румъния, наместник на Кесария Кападокийска (в днешна Турция!), Унгро-Влахийски митрополит и Букурещки архиепископ“.
В същата 1925 г. е организирана и обявената още през 1923 г. Бесарабска митрополия в земите на днешна Република Молдова и на част от днешна Югозападна Украйна. Тези земи след Първата световна война и в обстановката на гражданска война в Русия по силата на договор с Германия от 1918 г. са били присъединени (заедно с други територии, като например цялата Одеска област) към Румъния. Но през 1940 г. с пакта Молотов-Рибентроп СССР си връща контрола над земита на днешна Р. Молдова и тогава в църковно отношение те стават част от РПЦ-МП. Но църквата в рамките на днешните земи на Р. Молдова се обособява с наименованието Православна църква на Молдова, начело с Кишиневския и на цяла Молдова митрополит. През 1992 г. тази църква, след провъзгласяването на Молдова за независима и суверенна държава, е обявена от синода на РПЦ-МП за „самоуправляема в състава на РПЦ“.
През 1993 г. с мълчаливото съгласие на властите в Р. Молдова Румънската православна църква присъедини някои от каноничните територии на Молдовската православна църква, като ръкоположи молдовски клирици за свои епископи. Постепенно тяхната юрисдикция противоканонично се разпространи из цяла Молдова и сега там положението е както в Украйна след януари 2019 г., като юрисдикцията на Молдовската ПЦ и на Бесарабската митрополия на Румънската ПЦ се преплитат териториално из цялата страна.