Ръководството на Сръбската православна църква смята, че преговорите за уреждане на църковния статут на непризнатата Македонска православна църква могат да бъдат възобновени, само ако те стъпят на постигнатите досега "двустранни споразумания". Това заяви сръбският патриарх Ириней пред сръбската агенция ТАНЮГ в отговор на молба да коментира изказването на сръбския президент Томислав Николич, че автокефалията на Македонската църква може да бъде договорена чрез преговори между двете държави. "СПЦ ще се съгласи да разговаря с Македонската църква, но само върху канонични принципи и в рамките на постигнатите двустранни договори", заяви патриарх Ириней. По този начин той постави отново на дневен ред оспорвания в Македония "Нишки договор" - споразумение, подписано през 2002 г., но придобило публичност по-късно (вероятно защото веднага след това последва преминаването на един от македонските митрополити, Велешки Йоан, към СПЦ - б. р.) - едва през 2005 г. чрез публикация в медиите. Договорът предвижда даването на широка църковна автономия на Македонската църква, чийто предстоятел трябва да бъде одобряван от Сръбския патриарх, а по време на богослужение на първо място следва да се споменава предстоятелят на Сръбската църква. Под договора, подписан на 17 май 2002 г., стоят подписите на трима македонски владици - Петър, Наум и Тимотей, а от сръбска страна на Черногорския митрополит Амфилохий, Нишкия епископ Ириней (сега патриарх - б. р.), Бачкия еп. Ириней и Вранския еп. Пахомий. След разкриването на съдържанието на този договор в медиите последва бурна обществена реакция в Македония. А възникналият междувременно разкол в македонската църква направи невъзможно продължаването на процеса за уреждане на църковния въпрос чрез преговори. Негативно реагираха и преподавателите от Богословския православен факултет в Скопие. Църковните власти оттогава досега поддържат тезата, че Нишкият договор има характер на "работен документ", а не е окончателно решение на двете църкви.
Говорителят на македонския Св. Синод Тимотей заяви в отговор на думите на сръбския патриарх Ириней, че Нишкият договор е затворена страница, а преговорите и досега са се водели на "канонична основа". Той цитира и македонския архиепископ Стефан, според когото намесата на държавните власти в църковните преговори не е неприемлива, още повече, че за това има исторически прецеденти и в самата нова сръбска история.
