Вселенският патриарх Вартоломей заяви в интервю за турския вестник Milliyet, че според него храмът "Св. София" в Истанбул трябва да остане музей: "Ние предпочитаме да се запази съществуващият в момента режим. Когато през миналата година посетих Трапезунд и служих литургия в манастира "Св. Богородица" - Сумела, посетих и тамошната църква "Св. София". Тогава там се обсъждаше въпросът тя да се превърне в джамия. Отговорих на журналистите, че по-добре е да остане музей, защото така е достъпна за всички. Що се отнася до Св. София в Константинопол, тя е функционирала като християнски храм повече от 1000 години. Защото е построена като църква, а не като джамия. По тази причина ние предпочитаме тя да остане музей".
По този начин патриарх Вартоломей отговори на въпроса, поставян от определени среди напоследък, дали трябва "Св. София" да продължи да функционира като музей или да заработи като джамия. Това е първият път, когато патриархът взема отношение по този проблем.
В интервюто патриарх Вартоломей говори и за отварянето на църквата "Св. София" в Никея като ислямска джамия през ноември 2011 г. Според него не е имало непосредствена необходимост от нова джамия и цитира думите на отговорника за района около "Св. София" в Трапезунд, който казва, че наоколо има много джамии и те са празни. "Нека се напълнят първо тези и после ще видим", е заявил тогава той.
В интервюто патриархът засяга много болни въпроси в гръцко-турските отношения, трудностите, пред които е изправена Вселенската патриаршия в Турция, възпрепятстването от страна на турските власти чужди светски или духовни лидери да се срещат с Вселенския патриарх и други подобни.
