Още в първия ден (5 юни) на заседанията на пълния състав на Св. Синод бяха гласувани председателите и съставите на архиерейските комисии. Те са по различните области на църковния живот и дейност и подготвят решения на Св. Синод по важни въпроси в областта на богословската наука, богослужението, финансите и т. н.
В състава на комисиите бяха внесени някои промени. Досега Просветната комисия се ръководеше от Русенския митрополит Неофит, но сега неочаквано я оглави най-младият Пловдивски митрополит Николай. На мястото на починалия проф. Тотю Коев за сътрудник на Богословската комисия беше избран д-р Павел Павлов, гл. асистент в Богословския факултет в София. Богословската комисия се оглавява от Русенския митрополит Неофит и в нея сътрудници са професори и преподаватели от Богословския факултет в София (Вълчанов, Желев, Трайчев, Омарчевски). В състава на комисията влиза и Стобийският епископ Наум, гл. секретар на Св. Синод.
Богослужебната и канонично-юридическата комисия на Св. Синод, както и Финансовата комисия се ръководят от Сливенския митрополит Йоаникий. Видинският митрополит Дометиан председателства Комисията за междуцърковни отношения. Варненският и Великопреславски митрополит Кирил както и досега ще ръководи Комисията за изменение и допълнение на устава на БПЦ. Има сведения, че патриархът неведнъж е критикувал бездействието на тази комисия, както и непрекъснатото отлагане на Църковнонародния събор.
