Вселенският патриарх Вартоломей, който оглави в Ниш тържествената литургия в съслужение с предстоятелите на другите поместни църкви, заяви в проповедта си след края на службата, че Църквата в Македония е „нехристиянска и парацърковна организация, подпомогната от държавни структури”. Той коментира остро продължаващото вече десет години гонение срещу архиепископа на Сръбската църква в Македония – Йован Вранишковски, който в момента за пореден път е в затвора при изключително тежки условия.
Словото на патриарх Вартоломей беше прочетено в превод на сръбски от епископ Ириней Бачки и предизвика острата реакция на владиците в Македония. В словото си патриархът беше също така безкомпромисен и към неканоничната църква в Черна Гора, като каза, че е „абсолютно недопустимо поместна църква сама да се провъзгласява за автокефална”.
Македонските медии гневно коментират факта, че представители на тяхната църква не бяха поканени за всеправославните чествания в Ниш. Очаква се македонският Св. Синод да излезе с официална реакция по повод думите на Вселенския патриарх. Междувременно реакциите на митрополитите в Македония са различни. Дебърско-Кичевският митр. Тимотей дори се съмнява, че думите, изречени от сръбския владика Ириней, действително са присъствали в словото на патриарх Вартоломей. „Ако пък наистина го мисли, това не му прави чест. Ние винаги сме имали коректни отношения с патриарх Вартоломей. Но трябва да се има предвид, че неговите финанси зависят от Гърция”, твърди митр. Тимотей.
Преспанско-Пелагонският митрополит Петър е убеден, че „случилото се в Ниш е синхронизирана пропаганда срещу нашата страна чрез Македонската православна църква в момент, когато държавата е подложена на силен натиск да промени името си и да запази идентичността си... Ако не беше така, щяха да споменат и други непризнати и много по-големи църкви от нашата по света – като Православната църква в Америка, Украинската патриаршия, гръцките църковни организации... Оттук става ясно каква е била целта и тя няма връзка с Вранишковски и неговата Православна охридска архиепископия, които нямат капацитет да бъдат дори нормална енория”. Според македонския владика Македонската църква „не е нито парацърковна организация, нито е нехристиянска, а е жива църква със стари корени, наследница на Първа Юстиниана и на възобновената Охридска архиепископия, под чиято юрисдикция е била и Сръбската църква”. „Този натиск няма да ни уплаши и ние ще си продължим църковния живот, ще основаваме нови енории, ще избираме владици”, твърди Петър.
Европейският митрополит на Македонската църква Пимен пък твърди за „Утрински весник”, че „в деня, когато православната вселена чества свободата на християнството, а в Близкия Изток загиват хиляди наши братя християни, акцентът в Ниш беше поставен на гонението срещу един епископ и заради неговата свобода се заклеймява цяла една жива Църква – това не е нито човешко, а още по-малко е християнско”.
В Македония обаче се чуват и различни реакции. Телевизия „Алфа” коментира, че посланията от Ниш към Македонската църква са били съвсем очаквани и православните йерарси не са могли да подминат с мълчание случващото се само на 200 километра от Ниш. „Случаят на Йован Вранишковски присъства в докладите на всички международни организации по защита на човешките права по света”, се твърди в коментара на журналиста Зоран Бояровски. „Той е провъзгласен от Амнести интернешенъл за затворник на съвестта, а списание Икономист от м. юли т. г. публикува статия „Епископ зад решетките – богословие в белезници”. Според него политическият проблем с името на страната няма общо с каноническия статут на църквата в нея. „Ако проблемът с името се реши, а Македонската църква остане непризната, както се случи със схизматичните църкви в Украйна и Черна гора, какво ще се направи? Тези църкви нямат проблем с името на държавите си, а остават непризнати”.
