На 12 април 2005 г. прокуратурата внася обвинителен акт в Софийския районен съд. Отцепникът е обвинен за това, че в периода от 2 януари 2003 г. до 6 юли 2004 г. самоволно е извършил действия, които са задължения и право на ръководителя на Св. Синод, без той да заема този пост. Той е подписал и подпечатал 439 документа, като се е представял за глава на Българската православна църква и за Софийски митрополит. Част от тези писма са отправени до съответните окръжни съдилища, с които той е искал да регистрира поделенията на алтернативния „синод“. Друга част пък са кореспонденция с посланиците на САЩ, Испания и Великобритания. Инокентий е водил преписка с много кметове и областни управители от цялата страна. В тях той е настоявал местните поделения да се впишат в общинския регистър.
Срещу хората от синод-2 се води още едно разследване, което също върви към финал. Разколниците са обвинени, че са обсебили в особено големи размери имоти на БПЦ.
Делата срещу Инокентий и хората му бяха образувани, след като през лятото на 2004 г. алтернативният „синод“ беше изкаран с полиция от незаконно ползваните от тях имоти и храмове на църквата. Двеста и петдесет църкви и църковни имоти в цялата страна бяха атакувани от полицията по разпореждане на прокуратурата. Постановлението беше в отговор на постъпила от страна на патр. Максим жалба. Свещениците, които не искаха да напуснат храмовете, бяха насилствено изведени от сградите и натоварени в полицейски джипове, след което бяха отведени в РПУ-тата за оказване на съпротива на органите на реда. След това повечето църкви бяха опразнени от разколниците и запечатани, а в тях въведени наместници на Св. Синод и патр. Максим.
В знак на протест изгонените си направиха палатков лагер и близо година живееха в градинката пред „Света Софѝя“, а по-късно минаха на мястото на бившия мавзолей. Един от тях, Камен Бараков, поиска от Висшия съдебен съвет отстраняването на главния прокурор Никола Филчев. Отцепникът обясняваше, че с действията в случая си прокуратурата на практика правораздава и грубо гази конституцията. Тогава стана ясно, че Бараков, чието първо име е Камен Велков Петров, е осъждан три пъти, но е реабилитиран заради изтекла давност.
„Крадците да не стават обвинители. ВСС е административен орган и не може да контролира прокуратурата“, коментираха от пресслужбата на ВКП.
Покрай разследването за дейността на отцепниците в съда се оказа и бившият зам.-кмет на София Петър Станков. Той е обвинен за неизпълнение на служебните си задължения и превишаване на права за това, че е вписал тридесет и три църковни храма като местни поделения на отцепниците, без синод-2 да има регистрация в съда.
„Делото е в съда и вече дори са проведени две заседания по него. Разпитани са свидетели“ – казаха от прокуратурата. Според обвиненията, вписванията са извършени от Станков с цел да се набави облага за „синода“ на Инокентий и от деянието са настъпили значителни вредни последици, изразяващи се в създаване на благоприятни условия за осъществяване на незаконосъобразни дейности, подронващи моралните устои в обществото и конституционните основи, свързани с правота на вероизповедание, твърдят от прокуратурата. За този вид престъпления законът предвижда от една до осем години затвор.
Част от лидерите на синод-2 пък се оказаха въоръжени до зъби след направената от полицията проверка през лятото на 2004 г. Ченгетата прибраха внушителен арсенал от лидера Инокентий и помощниците му – игумена на Роженския манастир Йоан, известен като Брат Джон, и Камен Бараков. Тримата притежаваха общо петнадесет скъпи пушки и пистолети от реномирани марки. Оръжието се оказа законно, но беше прибрано по чл. 16 от закона, понеже поповете са лица, срещу които е започнало наказателно преследване от общ характер.
Четиридесет и две годишният Инокентий трябваше да се раздели с гладкоцевна пушка „Силма“, 12-и калибър, гладкоцевна пушка „Браунинг“, 12-и калибър, ловна карабина „ЧЗ“, ловна карабина „ZKM“ и револвер „Рюгер“, калибър 357, магнум. Игуменът на Роженския манастир Йоан пък имаше осем пушки и пистолети. Най-скромен се оказа Камен Бараков, който предаде две пушки и обясни, че му трябвали за лов и за да защитава семейството си.
