Неврокопският митрополит Натанаил е заявил „особено мнение” на заседанието на Светия Синод на Българската православна църква за решението за предоставяне на Комисията по досиета на списъци с имената и ЕГН на духовници от БПЦ, заемащи ръководни длъжности. Припомняме, че преди три дни Св. Синод реши на заседание да изпрати исканите от Комисията по досиетата лични данни на клириците, подлежащи на проверка. По-конкретно в решението на синода се казва: "Да бъде подготвено и изпратено писмо до Комисията по досиетата, в което да бъде представен списък с трите имена, ЕГН-то, длъжността на лицата и периода на заемане на длъжността за лицата, извършвали или извършващи публични дейности от 22.12.2006 г. до настоящия момент в БПЦ за Българския патриарх, епархийските митрополити, епископите, ректорите на семинариите и игумените на ставропигиите".
Това становище на Св. Синод е подписано с особено мнение от Неврокопския митр. Натанаил. В становището му са посочени два мотива. Първият е, че св. Синод не е изискал изправяне на грешката в закона, който определя Българската православна църква - Българска патриаршия като "религиозна общност", а не като традиционно вероизповедание в страната. И вторият е, че отварянето на досиетата на висшия клир ще срине доверието на хората в Църквата. Той определи решението на Св. Синод като жертва, която обществото не е готово да разбере и като "публично ритуално действие". Текстът на заявлението, предоставено от митр. Натанаил на агенция Фокус, гласи:
