Варненският и Великопреславски митр. Йоан категорично отхвърли обвинението на проф. Румен Ваташки от Шуменския университет, че закриването на катедра "Теология" в университета е свързано по някакъв начин с него. В интервю за сайта "Добротолюбие" митрополитът отбелязва, че през 25-те години на нейното съществуване в тази катедра са се трудили много бележити учени-богослови, а кризата започва през последните години и в резултат броят на преподавателите намалява. Причините за това са различни, - отбелязва митр. Йоан, - но във всеки случай, те никога не са били свързани с Варненския и Великопреславски митрополит, който винаги е поддържал добри отношения както с университета като цяло, така и с катедрата.
По отношение на обвинението, че се е опитал да наложи избор на определен кандидат за щатно място в катедрата, митр. Йоан отговаря, че той е изразил мнение, което му е било потърсено, но в никакъв случай не е оказвал натиск върху когото и да било: "Аз не виждам да съм оказал натиск, нито да съм се намесил в делата на Шуменския университет, защото, убеден съм, че една или друга кандидатура, от когото и да е предложена тя, се утвърждава, приема или не се приема единствено и само от ректорското ръководство на Шуменския университет, в лицето на господин ректора. Решението за едно и друго е изцяло в ръководството на университета. Аз съм си позволил да предложа едно лице – отец Теодор Стойчев, който е специалист по Нов Завет и преподавател с докторска дисертация в тази област. Считам, че е добре и дори прекрасно, ако студентите имат преподавател, който е специалист в областта, и е духовно лице. За огромно съжаление, ние виждаме, че поради малкото преподаватели в теологичната специалност на Шуменския университет, мнозина от тях преподават по много дисциплини, а човек не може да бъде специалист по всичко. Така че в този фундамент, който е основа на православното богословие, а именно Свещеното Писание на Новия Завет, ние предложихме един достоен човек и в това не виждам нищо лошо".
Митр. Йоан заяви, че не само той, но и другите архиереи от Св. Синод "няма как да са против богословските школи у нас, нито пък да не подкрепят своите си богослови". Ако има конфликт и напрежение между църковното ръководство и някои преподаватели, то това се дължи на предубедената критика от страна на някои богослови, които дори по време на лекции постоянно критикуват един или друг архиерей, вместо да се занимават със своята дисциплина. "В края на краищата те можеха да насочат своите сили да понапишат нещо сериозно, да оформят своите лекционни курсове, които да протичат нормално, да имат една много по-задълбочена богословска мисъл и да имат принос със своето писателско богословско творчество. На някои хора обаче това не им се удава особено и те намират лесния начин – да критикуват".
Митр. Йоан счита, че с прехвърлянето на вината за закриването на катедрата върху външни лица - било то Варненският митрополит или свещ. Теодор Стойчев - проф. Румен Ваташки показва за пореден път, че той много по-лесно критикува и осъжда другите, отколкото да открие и осъзнае собствената си отговорност за състоянието на нещата. Той изразява и недоумението си от предложението на преподавателя библеистиката да бъде поверена на д-р Анна Маринова, която напусна Православната църква и се присъедини към методистите. В крайна сметка там ще бъдат обучавани православни богослови, счита митрополитът и се очаква Новият Завет да бъде преподаван от православен богослов.
Накрая митрополит Йоан призовава "в дните на Великия пост, които са най-благоприятни за покаяние и изповед на нашата греховност, всички да бъдем по-смирени. Това е призив към нас, скришното да разкрием от душите си, призив, който отправя към нас св. Андрей Критски. В тези дни погледът ни да бъде обърнат към нашата вътрешна духовност, да имаме строгост към себе си, а снизходителност към нашите близки".