Възстановена през 1953 г., в следващите шест десетилетия модерната Българска патриаршия преживява епохата на държавен атеизъм, на разделение и разкол, на агресивен медиен и обществен интерес. От началото на комунизма до днес Българската църква е управлявана от трима предстоятели: екзарх Стефан (1945-1948), патриарх Кирил (1953-1971) и патриарх Максим (1971-2012). Сравнително неизвестни остават имената на други забележителни духовници, един от които е Врачанският митрополит Паисий, наместник-председател на Синода от 1949 до 1951 г. Всеки един от тези предстоятели е забележителна личност, макар и по много различен начин. Различават се по образование, публично присъствие и влияние, дори по амбициите си. Обединява ги това, че всеки един от тях е трагична фигура – най-вече заради драматичното разминаване между тяхната представа за Църквата и представата на властниците за нея.
Оставката на екзарх Стефан
Екзарх Стефан символизира границата между две епохи. Роден през 1878 г., той се превръща във влиятелна обществена фигура, способен не само да слуша политиците, но и да се конфронтира с тях. Качества, които го издигат на върха на Българската църква веднага след 1944 г., но и които стават причина за бързото му слизане от този пост. На 21 януари 1945 г. е избран за пръв Български екзарх след смъртта на Екзарх Йосиф през 1915 г., а на 22 февруари 1945 г. Вселенската патриаршия прекратява схизмата и дарява автокефалия (самостоятелност) на Българската църква. В този момент всички заинтересовани страни, макар и по различни причини, са съгласни Българската църква да възстанови статута си на патриаршия.
През следващите години екзархът е принуден да прави все по-големи отстъпки на новата комунистическа държава, което повишава напрежението между него и митрополитите. Развръзката настъпва през лятото на 1948 г. През юли Стефан заминава за Москва, където Руската църква се надява да оглави църковна коалиция, насочена срещу Запада (т. нар. Православен Ватикан). А екзархът се надява на съвещанието в Москва, където са събрани всички православни йерарси, да бъде интронизиран за патриарх. Нужно е само едно – съгласието на Св. Синод на Българската църква. На драматична среща в София с представител на Дирекцията на изповеданията от 9 юли 1948 г., Синодът изказва учудването, че искането е представено по този начин, и категорично отказва да даде съгласието си.