По инициатива на Негово Светейшество Българския патриарх Максим и въз основа на проект, съставен от някогашния ръководител на катедрата по История на Църквата в Духовната академия „Св. Климент Охридски“ (сега Богословски факултет при Софийския университет) проф. д-р Тодор Събев с Протокол № 7 от 18 юни 1974 г. на заседание на Св. Синод в пълен състав е учреден, считано от 1 юли 1974 г., ведомствен Църковноисторически и архивен институт (ЦИАИ) при Българската Патриаршия.
Още при създаването на ЦИАИ от Синодната палата са подбрани по-ценните документи и материали (в обем около 3008 папки, което в случая означава няколкостотин хиляди документа), които са пренесени в ЦИАИ и по този начин е създаден архив при ЦИАИ. С Протокол № 19 от заседание на Св. Синод в пълен състав от 27 ноември 1986 г. е решено „Отделите старопечатен, ръкописи и исторически архив да се предадат от Централния църковен историко-археологичен музей и приемат от Църковно-историческия и архивен институт при Българската Патриаршия, считано от 1 декември 1986 г.“. По този начин са прехвърлени и приети 375 славянски, 220 гръцки и около 100 други ръкописи, над 600 старопечатни книги и няколко хиляди документи и снимки от периода на Възраждането и от Българската Екзархия. Една част от ръкописите са писани на пергамент (предимно тези от 10-14 в.), а останалите на хартия. Забележителни със своите фигурални миниатюри са Слепченското Евангелие от 15 в., трите Евангелия, писани и украсени от поп Иван Кратовски от 1563, 1567 и 1579 г., както и редица други Евангелия от 16-17 в. от София, Враца, Горна баня, Етрополе, Бобошево, Стрелча и др. Миниатюри има и в някои дамаскини от 16-17 в. като Костенечкия, в триоди като Боянския, в минеи като Етрополския и др. Особен интерес представлява и сборникът-панигирик от 1435 г. на дяк Андрей – ученик на св. патриарх Евтимий Търновски. Тук са и два преписа на Паисиевата история – Самоковският от 1771 г. и вторият Ахтаров препис-преправка от 1844 г.