Възстановена през 1953 г., в следващите шест десетилетия модерната Българска патриаршия преживява епохата на държавен атеизъм, на разделение и разкол, на агресивен медиен и обществен интерес. От началото на комунизма до днес Българската църква е управлявана от трима предстоятели: екзарх Стефан (1945-1948), патриарх Кирил (1953-1971) и патриарх Максим (1971-2012). Сравнително неизвестни остават имената на други забележителни духовници, един от които е Врачанският митрополит Паисий, наместник-председател на Синода от 1949 до 1951 г. Всеки един от тези предстоятели е забележителна личност, макар и по много различен начин. Различават се по образование, публично присъствие и влияние, дори по амбициите си. Обединява ги това, че всеки един от тях е трагична фигура – най-вече заради драматичното разминаване между тяхната представа за Църквата и представата на властниците за нея.
Екзарх Стефан символизира границата между две епохи. Роден през 1878 г., той се превръща във влиятелна обществена фигура, способен не само да слуша политиците, но и да се конфронтира с тях. Качества, които го издигат на върха на Българската църква веднага след 1944 г., но и които стават причина за бързото му слизане от този пост. На 21 януари 1945 г. е избран за пръв Български екзарх след смъртта на Екзарх Йосиф през 1915 г., а на 22 февруари 1945 г. Вселенската патриаршия прекратява схизмата и дарява автокефалия (самостоятелност) на Българската църква. В този момент всички заинтересовани страни, макар и по различни причини, са съгласни Българската църква да възстанови статута си на патриаршия.
През следващите години екзархът е принуден да прави все по-големи отстъпки на новата комунистическа държава, което повишава напрежението между него и митрополитите. Развръзката настъпва през лятото на 1948 г. През юли Стефан заминава за Москва, където Руската църква се надява да оглави църковна коалиция, насочена срещу Запада (т. нар. Православен Ватикан). А екзархът се надява на съвещанието в Москва, където са събрани всички православни йерарси, да бъде интронизиран за патриарх. Нужно е само едно – съгласието на Св. Синод на Българската църква. На драматична среща в София с представител на Дирекцията на изповеданията от 9 юли 1948 г., Синодът изказва учудването, че искането е представено по този начин, и категорично отказва да даде съгласието си.